Մելիքգյուղ-Ծաղկավանը Տավուշի հնագույն գյուղերից է։ Հնում բնակավայրը գտնվում էր ներկայիս գյուղատեղից մոտ 500-1000 մ. դեպի հարավ։ Գյուղի հարավային ծայրամասում գտնվում է հայ նախաքրիստոնեական հին սրբավայրի (հնարավոր է մեհյանի) մնացորդներ։ Բլրի գագաթին գտնվում են շրջանաձև տեղադրված մեծ քարեբեկորներ։ Ամենայն հավանականությամբ, այդտեղ էր հավաքվում գյուղի ավագների խորհուրդը (գյուղակույտը)։

Հնում, ներկայիս Մելիքգյուղ-Ծաղկավանի տարածքը մտնում էր Մեծ Հայքի Գուգարք աշխարհի Կողբոփոր գավառի մեջ։ Սակայն պատմության ընթացքում թե գավառի տարածքը, թե անվանումը քանիցս փոփոխվել են։

Արշակունիների դարաշրջանում Իջևանով և Ոսկեպարով անցնում էր Մեծ Հայքից դեպի Տփղիս միջազգային առևտրաուղղին, որը այնուհետև ձգվում էր դեպի Ալանիա և հյուսիսային Կովկաս. այդ առևտրաուղին հատկապես ակտիվորեն էր օգտագործվում IV – V դարերում։

10-12 դդ. Մելիքգյուղի և ամբողջ Կողբոփորի տարածքը (որ հետագայում կոչվում էր Կայան կամ Կայեն) մտնում էր հայոց Լոռու թագավորության կազմի մեջ։ Այդ ժամանակաշրջանին են պատկանում գավառի պատմամշակութային հուշարձաններից շատերը՝ ճարտարապետությունը, վիմագրությունները, մանրանկարչությունը։ Մասնավորապես, մեզ են հասել Մակարավանքը, Դեղծնուտը, Սամսոնի վանքը, Առաքելոց վանքը, Կիրանցը ևն։ Այդ տաճարները ունեն բազմաթիվ զարդաքանդակներ և վիմագրեր, որոնք պատմական առժեք են ներկայացնում։ Այդ ժամանակաշրջանիում զարգացան նաև առևտրատնտեսական հարաբերությունները, կառուցվեցին բազմաթիվ կամուրջներ. Մելիքգյուղ-Ծաղկավանի տարածքում պահպանվել են մի քանի միջնադարյան կամուրջներ։

12-13 դդ. գյուղը մտնում էր հայոց Վահրամյանների և Մահկանաբերդի Արծրունիների իշխանությունների կազմը։ Սակայն 13-րդ դարի մոնղոլ-թաթարական արշավանքների արդյունքում, Մելիքգյուղը ասպատակվեց՝ Տավուշի այլ ավանների և գյուղերի թվում։ Բազմաթիվ պատմական հուշարձաններ քանդվեցին թաթարների կողմից։ Բնակչության մի մասը կոտորվեց, իսկ շատերը գերևարվեցին։ Տնտեսական և մշակութային կյանքը գրեթե ընդհատվեց։

15 դ., Շահ-Աբասի ասպատակումների արդյունքում Մելիքգյուղը նորից ամայացավ։ Գյուղի բնակիչների մի մասը թաքնվեցին Տավուշի անտառում և մոտակա քարանձավներում։ Պարսկական տիրապետության տարիներին, չնայած զավթիչների ճնշումներին, Մելիքգյուղը և ամբողջ Տավուշը մասամբ վերակենդանացան։

1721 թվին լեզգիները, իսկ 1723 թվին թուրքերը նորից ասպատակում և թալանում էին Տավուշի հայկական բնակավայրերը։ Այնուհետև հետևեցին պարսից Աղա Մահմադ-խանի հարձակումները Արցախի և Վրաստանի վրա (1795 – 1797 թթ)։ Այդ տարիներին Մելիքգյուղ ժամանեցին մի քանի տոհմ Արցախից, այդ թվում Աթաբեկյանների մելիքական տոհմի ներկայացուցիչները, ինչի արդյունքում գյուղը ստացավ իր Մելիքգյուղ անվանումը։ Աթաբեկյանները գյուղում կառուցեցին սբ. Հովհաննես եկեղեցին և Սառնաղբյուրը (գյուղի միջին հատվածում)։ Արցախից և պատմական Մեծ Հայքի այլ մասերից Տավուշ տեղափոխվողների թիվը շատացավ 1801 թ. հետո, երբ հյուսիսային Հայաստանը՝ այդ թվում Մելիքգյուղը, հայտնվեցին Ռուսաստանի կազմի մեջ։

1918 թ., Մելիքգյուղը մտավ Հայաստանի առաջին Հանրապետության կազմի մեջ։ 1920 թ. հուլիսին Մելիքգյուղը Սևքարի հետ միասին ենթարկվեց Ղազախում տեղակայված բոլշևիկ հրոսակախմբերի հարձակմանը։ Բայց կարճ ժամանակ հետո գյուղը ազատագրվեց հայոց բանակի կողմից։[3] Սակայն նույն տարում Թուրքիայի Հայաստանի վրա հարձակումից հետո, բոլշևիկ հրուզակները Ադրբեջանից նորից հարձակվեցին Հայաստանի վրա, այդպիսով բացելով երկրորդ ճակատ։ Այդ թվում գրավվեց Մելիքգյուղը։ Ինչպես և ամբողջ Հայաստանում, Մելիքգյուղում սկսվեց բոլշևիկյան «կարմիր տեռոր»՝ ընդդեմ ազնվականների (մելիքների) և մտավորականների։ Մասնավոր հողերը առգրավվեցին, իսկ գյուղի համայն բնակչությունը բռնի կերպով կոլխոզագրվեց։ 1961 թ. Սևքարի և Մելիքգյուղի կոլխոզների հիման վրա ստեղծվեց միացյալ սովխոզ, որը այլ սովխոզների պես եկամտավրեպ էր։

Բոլշևիկյան “դասակարգային պայքարի” սին գաղափարի ոգով և ստալինյան տեռորի մթնոլորտում, 1946 թ. կոմունիստները փոխեցին գյուղի հին անվանումը՝ Մելիքգյուղը անվանափոխվեց Ծաղկավան արհեստական անունով։ Չնայած կոմունիստական գաղափարախոսական ճնշումներին, 1983 թ. հոկտեմբերի 8-ին Մելիքգյուղում կազմակերպվեց Աթաբեկյանների մելիքական տոհմի առաջին տոհմահավաքը:

Երբ արդեն անկախ Հայաստանի վարչատարածքային բարեփոխումների արդյունքում Իջևանի, Նոյեմբերյանի և Շամշադինի շրջանները միացվեցին Տավուշի մարզի շրջանակներում, այդ վարչական տարածքում հայտնվեցին երկու գյուղ նույն՝ Ծաղկավան անունով. մեկը նախկին Իջևանի շրջանի Մելիքգյուղ-Ծաղկավանն էր, իսկ մյուսը՝ նախկին Շամշադինի շրջանի Ծաղկավանը։ Տարբերակման համար որոշվեց առաջին Ծաղկավանը անվանել Ներքին, իսկ երկրորդը՝ Վերին Ծաղկավան։